很多公司在选择管理软件时，以为直接购买软件后安装使用就可以了。但由于行业的不同、管理模式以及业务模式的差异、在市场上很难找到完全符合自身需要的软件，此时软件定制开发是唯一的途径。但相对于单纯产品化的实施，软件定制开发成本高，主要原因如下：
用户需要的功能在产品中不存在，需要依据用户的个性化需求进行开发，需要经过需求的分析、系统设计、编码、测试、系统维护等一系列过程，因而周期相对比较长，投入的人力和物力也比较多，尤其是在需求的管理上，很多用户事先没有很好的规划，导致在后续的系统开发和实施过程中功能频繁的调整，增加了开发的工作量，使项目周期变长。用户需求的多少、需求的复杂程度，和开发工作量有着直接的关系。
不同于单纯产品化的实施对技术人员的要求比较低，软件定制开发从项目的需求、设计、开发各个阶段环环相扣，需求阶段缺少沟通或基本上都是无效的沟通，会导致需求和实现的结果差异大，系统的设计和开发被频繁推翻，软件定制开发的周期也被无限延长，因此首先对需求分析人员的要求比较高；软件系统的设计是整个系统的生命和灵魂，系统设计差、缺乏灵活性，则不利于后续的系统开发和系统维护，导致项目实施周期延长，因而对软件设计人员的要求也比较高。由于很多个性化的功能都需要重新开发，系统的质量、稳定性和技术人员的技术水平息息相关。选择有类似行业需求和定制开发经验的团队，是软件定制开发的首选。
传统的软件定制开发一般采用纯手工的编码方式，这种方式对技术人员的要求相对比较高，软件公司需要投入更多的时间和成本，而且纯手工编码错误率高，后续需要投入更多的时间才能逐步使系统完善和稳定。
基础成熟的、拥有较强扩展性的软件产品基础上，特别是基于定制开发平台的开发，可以减少定制开发和后续系统维护的工作量，降低技术难度，缩短项目开发周期，降低软件定制开发成本和风险。
定制开发的软件系统不是一次性成型的，在系统上线运行后，由于开发中存在错误和不足，在后续的使用中被陆续测试出来，需要进行修复和改进。特别是在系统上线后的一段时间内，这种维护的工作量是非常大的。其次，定制开发的系统是针对用户需求进行的，细节功能需要在实际应用不断的完善，而且很多用户只有在实际使用中才能提出细节的要求。后期的系统维护周期长、工作量大，是软件定制开发成本高的一个重要原因。
因为软件定制开发成本高，很多以产品化为主的软件公司竭力反对软件定制开发，遏制了用户正常的个性化需求。软件定制开发可以说是一把双刃剑，一方面能够很好的满足用户的需求提升软件的实用性，从而达到深入的应用，同时因为其周期长、成本高，给项目的实施带来了诸多风险。合理和正确的处理定制开发是非常必要的，在具体的开发和实施中，需要处理好开发周期、成本、质量之间的关系。在需求处理上，做到把握好最终用户的需求，既不能遏制用户合理的需求，又不能无限扩大其范围。
